萎縮性鼻炎分為原發(fā)性和繼發(fā)性兩種。前者病因目前仍不十分清楚，后者病因則明確。
1、原發(fā)性萎縮性鼻炎：
原發(fā)性者的病因目前尚未清楚。
傳統(tǒng)的觀點認為本病是某些全身性慢性疾病的鼻部表現(xiàn)，如內分泌紊亂、自主神經(jīng)功能失調、維生素缺乏（如A、B、D、E）、遺傳因素、血中膽固醇含量偏低等。
細菌，如臭鼻桿菌、類白喉桿菌等雖不是致病菌，但確是引起繼發(fā)感染的病原菌。
近年研究發(fā)現(xiàn)本病與微量元素缺乏或不平衡有關，免疫學研究則發(fā)現(xiàn)本病患者大多有免疫功能紊亂，組織化學研究發(fā)現(xiàn)鼻粘膜乳酸脫氫酶含量降低，故有學者提出本病可能是一種自身免疫性疾病。
總之，原發(fā)性者的病因目前尚未清楚。
2、繼發(fā)性萎縮性鼻炎：
目前已明確本病可繼發(fā)于以下疾病和情況——
（1） 慢性鼻炎、慢性鼻竇炎的膿性分泌物長期刺激鼻粘膜；
（2） 高濃度有害粉塵、氣體的持續(xù)刺激鼻粘膜；
（3） 多次或不適當鼻腔手術致鼻粘膜廣泛損傷（如下鼻甲過度切除）；
（4） 鼻特殊傳染病，如結核、梅毒和麻風等疾病損害鼻粘膜。