常規(guī)須與上呼吸道感染、急性咽炎、急性喉炎、急性鼻炎、扁桃體周?chē)撃[、智齒冠周炎、扁桃體腫瘤繼發(fā)感染等鑒別。特殊病例，譬如急性隱窩性扁桃體炎，還須與某些全身疾病引起的咽峽炎相鑒別，如傳染性單核細(xì)胞增多癥、白血病、粒細(xì)胞缺乏癥、猩紅熱、咽白喉、流行性出血熱等。
急性扁桃體炎： 咽痛劇烈，咽下困難, 兩側(cè)扁桃體表面覆蓋白色或黃色點(diǎn)狀滲出物。滲出物有時(shí)連成膜狀，容易擦去。 下頜淋巴結(jié)腫大，有壓痛。 全身情況呈急性病容、高熱，寒戰(zhàn)?；?yàn)室檢查，涂片： 多為鏈球菌、葡萄球菌，血液檢查白細(xì)胞明顯增多
樊尚咽峽炎： 單側(cè)咽痛 咽部所見(jiàn)一側(cè)扁桃體覆蓋灰色或黃 色假膜，擦去后可見(jiàn)下面 有潰瘍。牙齦常見(jiàn)類(lèi)似病變。 頸部淋巴結(jié)患側(cè)有時(shí)時(shí) 腫大 ，全身癥狀較輕化驗(yàn)室檢查，涂片:梭形桿菌及樊尚螺旋菌 ，血液檢查：白細(xì)胞略增多。
單核細(xì)胞增多性咽峽炎： 咽痛輕， 扁桃體紅腫，有時(shí)蓋有白色假膜，易擦去， 全身淋巴結(jié)腫大，有腺性熱之稱(chēng) 高熱、頭痛，急性病容。有時(shí)出現(xiàn)皮疹.肝脾腫大等。 化驗(yàn)室檢查，涂片： 陰性或査到呼吸道常見(jiàn)細(xì)菌。血液： 異常淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞增多可占50%以上。血 清嗜異性凝集試驗(yàn)(+ )
粒細(xì)胞缺乏癥性咽峽炎： 咽痛程度 咽部所見(jiàn)壞死性潰瘍，上面覆有深褐色假膜，周?chē)M織蒼白、缺血。軟腭、牙齦有同樣病變 。頸部淋巴結(jié)無(wú)腫大 ，膿毒性弛張熱，全身情況迅速衰竭。 化驗(yàn)室檢查，涂片： 陰性或査到一般細(xì)菌血液： 白細(xì)胞顯著減少，中性粒細(xì)胞銳減或消失
白血病性咽峽炎： 一般無(wú)咽痛 ，咽部早期為一側(cè)扁桃體浸潤(rùn)腫大.繼而表面壞死，覆有灰白色假膜，常伴有口腔黏膜腫脹，潰瘍或壞死。 全身淋巴結(jié)腫大， 急性期體溫升高，早期出現(xiàn)全 身性出血，全身衰竭?；?yàn)室檢查，涂片： 陰性或査到一般細(xì)菌。血液： 白細(xì)胞增多，分類(lèi)以原始白細(xì)胞和幼稚細(xì)胞 為主